Malwarebytes Enterprise Edition è una completa soluzione per la sicurezza destinata alla realtà aziendali. Trattasi di una piattaforma anti malware che offre una elevato sistema di sicurezza sui server ed a cascata anche sui client connessi. L'esclusiva combinazione di tecnologie euristiche e basate su definizioni, protegge contro le minacce zero-hour, spesso prima che siano state identificate da altri prodotti di sicurezza. La piattaforma di amministrazione centrale, attraverso la sincronizzazione con Active Directory, consente di implementare e configurare Malwarebytes sugli endpoint distribuiti da una singola piattaforma in pochi minuti.
Malwarebytes Enterprise Edition consente di configurare le impostazioni del client e personalizzare le politiche per gruppi di utenti. Malwarebytes Threat View unisce i dati sulle minacce, compresi i client sotto attacco, dai client Malwarebytes distribuiti in modo da poter affrontare e minimizzare i rischi che minacciano la sicurezza. Dato che Malwarebytes Enterprise Edition è destinato ad affiancare la soluzione di sicurezza esistente, è progettato per essere quanto più efficiente possibile in termini di risorse. Il leggero motore euristico e il client ne garantiscono le prestazioni endpoint per massimizzare la produttività degli utenti finali.
Malwarebytes Enterprise Edition richiede l'acquisto di una licenza dal costo variabile a seconda della grandezza dell'infrastruttura.