SQL Workbench/J viene proposta quale piattaforma gratuita basata su Java per gestire un'ampia varietà di script e database SQL. Oltre all'esecuzione di script SQL presenta un insieme nutrito di funzioni di importazione ed esportazione dati. Prima di iniziare ad operare con questo ambiente di lavoro è necessario configurare i driver JDBC relativi al database d'interesse. Ciò avviene a partire dalla finestra iniziale di collegamento, dove si trova una seziona specifica di gestione dei driver medesimi. Una volta individuati quelli d'interesse occorrerà scaricarli collegandosi alla pagina dedicata del sito di riferimento.
SQL Workbench/J permette quindi di interagire con i dati risultanti dalle query e di creare file secondo i formati HTML, SQL, CSV e XML. Si possono inoltre importare informazioni da file XML, di testo e direttamente da fogli di calcolo. L'applicativo lascia anche svolgere attività di comparazione dati memorizzati in due database distinti. La modalità batch torna utile per gestire più operazioni in parallelo ed ottimizzare così la gestione degli archivi. Non mancano infine opzioni avanzate di ricerca stringhe.