Star Trek Timelines è un titolo basato sulla famosa saga cinematografica e che vi vedrà prendere il controllo di una delle navi della federazione per cercare di risolvere un grave problema che attanaglia l'intera galassia; infatti l'intero universo sembra essere soggetto a gravi scompensi di continuum dello spazio-tempo, portando navi, flotte e addirittura interi pianeti a raggiungere il presente in cui si sta giocando il titolo.
Star Trek Timelines vi metterà al comando di una delle navi della federazione, capitanata dal famoso Kirk e accompagnato dagli altri fedeli membri dell'equipaggio e vostro compito sarà trovare una soluzione al problema mentre sarete costretti a scontrarvi con forze militare nemiche provenienti da un altro spazio-tempo, oppure aiutare i civili in difficoltà da un pianeta in decadimento o ancora convincendo una o più fazioni a rinunciare ad una guerra che porterebbe perdite da entrambi gli schieramenti.
Ma così come avrete da affrontare problemi, il problema della continuità spazio-temporale vi permetterà di usufruire di vantaggi unici, come ad esempio equipaggiamento tecnologico o membri dell'equipaggio provenienti da un differente universo parallelo e che vi garantiranno bonus differenti, più adatti per affrontare alcune situazioni piuttosto che altre e che in alcuni casi, in base alla rarità del personaggio o dell'equipaggiamento, vi potranno garantire bonus ben al di sopra della media.